الحرب مع صدام حسين
دخل حربا مدمرة مع العراق سميت بحرب الخليج الأولى واستمرت ثمان سنوات رفض فيها الاستسلام للرئيس العراقي صدام حسين ،واستمرت الحرب سجالاً بين البلدين إلى أن وافق الخميني بقبول وقف إطلاق النار في 8 أغسطس 1988 حين حققت القوات العراقية تقدماً ملحوظاً بعد تلقيها دعماً لوجستياً عربيا, ووصف قبوله وقف إطلاق النار بأنه تجرع كأس السم. وافق البلدان على وقف إطلاق النار 20 أغسطس لتبدأ بعدها المفاوضات المباشرة بين العراق وإيران في جنيف 25 أغسطس - 7 سبتمبر 1988 وكان على المتفاوضين بحث قرار مجلس الأمن رقم 598 والذي يتضمن 5 نقاط هي:[2]
وقف إطلاق النار
الانسحاب إلى الحدود الدولية
تبادل الاسرى
عقد مفاوضات السلام
إعمار البلدين بمساعدة دولية
فشلت الجولة الأولى وتوقفت عند المطلب الأول (وقف إطلاق النار) بسبب الاختلاف على تطبيقه بحرا حيث أصرت إيران على تفتيش السفن العابرة لمضيق هرمز وهو ما رفضه العراق. الجولة الثانية انعقدت في نيويورك 1 - 5 أكتوبر 1988 على هامش انعقاد الدورة الثالثة والأربعين للجمعية العمومية للأمم المتحدة حاول خلالها الأمين العام للأمم المتحدة التقريب بين وجهات النظر للطرفين.
في 20 أكتوبر قدم العراق طلبا لتبادل الأسرى إلا أن إيران رفضته فبادر العراق إلى الأفراج عن الأسرى الإيرانيين المرضى لديه (465 أسيراً)، مما دفع إيران لاتخاذ إجراء مماثل.
في 31 أكتوبر بدأت جولة جديدة في جنيف بدعوة من الأمين العام للأمم المتحدة إلا أنه لم تكن بأفضل حالا من الجولات التي سبقتها مما أجبر الأمانة العامة إلى التنقل بين بغداد وطهران لتقريب وجهات النظر بين البلدين.
و في أغسطس 1990, وافقت الحكومة العراقية على الانسحاب من الأراضي الإيرانية (2,500 كم مربع) وتسليم جميع الأسرى الإيرانيين المسجلين عندها, وبذلك انتهت هذه الحرب التي صنفت بانها الأكثر دموية في الشرق الأوسط منذ عام 1945.